从原理来说，ARTP的原理是通过能量传递将氦原子激发，从而产生高能量的激发态的氦，激发态的氦作用于DNA后将其无序打断；离子束注入诱变是用过加速电场将离子加速撞击到样品上，进入微生物内部间接或者直接作用于DNA；

从能量上来说，离子束注入对于微生物来说能量太强，很短的时间内即可造成很高高致死率，并且微生物表面千疮百孔，不利于突变株的自我修复和繁殖；ARTP诱变能量虽然比离子束注入低，但是高于紫外、化学等传统诱变方法，并且照射后的微生物表面完整，这种现象的优势就是一些处于亚致死状态细胞会通过SOS修复机制存活下来，并有可能变成突变株。但是如果细胞被完全破坏，就直接死掉了，无从谈起突变。